Muzeum jest samorządową instytucją kultury o charakterze naukowo-badawczym i kulturalno-oświatowym. Organizatorem Muzeum jest Województwo Kujawsko-Pomorskie. Ogólny nadzór nad Muzeum sprawuje Minister Kultury, a nadzór bezpośredni Zarząd Województwa Kujawsko-Pomorskiego. Muzeum wpisane jest pod numerem EK II 4011/04/99 do Rejestru Instytucji Kultury prowadzonego przez organizatora i posiada osobowość prawną.