Muzeum kieruje i zarządza Dyrektor na zasadzie jednoosobowego kierownictwa, powołany przez Zarząd Województwa Kujawsko-Pomorskiego, ponosząc odpowiedzialność za całokształt działalności i wyniki pracy instytucji. Funkcję dyrektora pełni dr Hubert Czachowski, e-mail: kontakt@etnomuzeum.pl Zastępca jest powoływany i odwoływany przez Dyrektora Muzeum. Działami Muzeum kierują ich Kierownicy, ponoszący z tego tytułu odpowiedzialność przed Dyrektorem. Przy Muzeum działa Rada Muzeum w zakresie określonym w art. 11 ustawy o muzeach. Członków Rady Muzeum powołuje i odwołuje Zarząd Województwa kujawsko-pomorskiego.