Muzeum kieruje i zarządza Dyrektor na zasadzie jednoosobowego kierownictwa, ponosząc odpowiedzialność przed Zarządem Województwa Kujawsko-Pomorskiego za całokształt działalności i wyniki pracy instytucji. Dyrektorowi podlegają bezpośrednio: wicedyrektor, gł. księgowa, kierownicy działów. Dyrektora wspiera Rada Muzealna. Działalność Muzeum oparta jest na rocznych planach pracy.