Muzeum kieruje i zarządza Dyrektor na zasadzie jednoosobowego kierownictwa, ponosząc odpowiedzialność przed Zarządem Województwa Kujawsko-Pomorskiego za całokształt działalności i wyniki pracy instytucji.
Dyrektorowi podlegają bezpośrednio: wicedyrektor, gł. księgowa, kierownicy działów.
Dyrektora wspiera Rada Muzeum.
Działalność Muzeum oparta jest na rocznych planach pracy.